整合集成学校资源，充分利用教育部“对口支援西部地区高等学校计划”和“援疆学科建设计划”的外向带动，努力建成结构优化，布局合理，重点突出，特色鲜明的学科体系；在农业、医疗卫生、装备工程技术、资源与环境、经济与管理、兵团社会文化等领域形成赋有资源优势和绿洲、兵团两大特色的学科群以及若干个在国内有较大影响的高水平学科，争取进入国家“211工程”建设高校行列。

坚持“扬优、拓宽、交叉、融合”的原则，进一步突出地域特色，拓宽学科口径；强化内涵发展，加强学科融合;增强“大学科、大团队、大项目、大成果”的意识，进一步凝炼学科方向，构筑科技基础条件平台，汇聚科研创新团队；积极推动农学、医学、资源环境与其他学科的交叉融合和优势互补，重视信息学科的发展及对其他学科的渗透与带动，形成具有地方特色和地域优势的学科群体，提高学科在国内的竞争力。